Во время экскурсии по постоянной экспозиции посетители узнают, что музей делится на несколько разделов: палеонтология, современные экосистемы Западной Сибири, мифология народов ханты и манси и многовековая летопись региона.

В «Ритме биосферы» посетители узнают об удивительной природе Обь-Иртышья, существовавшей на протяжении сотен миллионов лет. Ископаемые остатки древних растений и животных и современные диорамы позволяют судить об изменениях, произошедших в ходе эволюции биосферы. В разделе «Мифологическое время» традиционная культура обских угров и картина природного богатства Приобья подана в контексте мифологических преданий и предметов быта. А блок «Историческое время» познакомит с фактами, историческими персонажами региона и общественными процессами с эпохи камня до современности.